Η πολυπλοκότητα του κοινωνικοοικονομικού συστήματος της Νεοανακτορικής Περιόδου, είχε ως αποτέλεσμα την εμφάνιση μιας ακόμα πιο λεπτομερούς γραφειοκρατικής δομής στη μινωική Κρήτη. Έτσι, παρατηρήθηκε ευρύτερη διάδοση της γραφής, εξαφανίστηκε η εικονογραφική ή ιερογλυφική γραφή, ενώ επήλθαν μεταβολές στο σφραγιστικό σύστημα, στα σχήματα αλλά και στον τρόπο σύνταξης των εγγράφων, καθώς και στα υλικά που χρησιμοποιούνταν για τις διάφορες καταγραφές.
Όσον αφορά τώρα την πολιτική οργάνωση της Κρήτης των Νεοανακτορικών Χρόνων, η εικόνα που είμαστε σε θέση να σχηματίσουμε δεν είναι ξεκάθαρη, παρά την πληθώρα αρχαιολογικών και αρχειακών πληροφοριών που έχουμε στη διάθεσή μας. Δύο είναι οι βασικές εκδοχές που εξετάζονται σε σχέση με το ζήτημα αυτό. Η πρώτη κάνει λόγο για την ύπαρξη μιας ισχυρής κεντρικής εξουσίας, για ένα ενιαίο μινωικό κράτος υπό την κυριαρχία της Κνωσού. Η δεύτερη αναφέρεται σε ένα νησί διαιρεμένο σε ευάριθμες πόλεις-κράτη, που είχαν μεν στενές επαφές σε οικονομικό και όχι μόνο επίπεδο, αλλά δεν τελούσαν υπό τον έλεγχο ενός κεντρικού διοικητικού μηχανισμού.
Αξίζει πάντως να σημειωθεί ότι τα διαθέσιμα επιγραφικά και σφραγιστικά στοιχεία από σημαντικά κέντρα των Νεοανακτορικών Χρόνων (Χανιά, Ζάκρος, Αγία Τριάδα) συνηγορούν υπέρ της δεύτερης άποψης. Και τούτο, διότι οι καταγεγραμμένες σε ευρεθείσες πινακίδες και σφραγίσματα συναλλαγές είναι περιορισμένης κλίμακας και τοπικού χαρακτήρα, γεγονός που παραπέμπει μάλλον στη γραφειοκρατική οργάνωση μικρών πολιτικοοικονομικών οντοτήτων και όχι στο διοικητικό μηχανισμό ενός ολόκληρου κράτους.
Αδιευκρίνιστο παραμένει το ζήτημα των αιτίων που επέφεραν ουσιαστικές μεταβολές στην Κρήτη μετά το πέρας της Νεοανακτορικής Περιόδου (1500/1450 π.Χ.), στο διάστημα έως το 13ο αιώνα π.Χ. Αυτό που γνωρίζουμε τουλάχιστον είναι ότι προηγήθηκαν εκτεταμένες καταστροφές, καθώς και ότι η κατοίκηση στις διάφορες μινωικές θέσεις (πλην του ανακτόρου της Κνωσού) ακολούθησε φθίνουσα πορεία. Σε συνάρτηση με τις εν λόγω εξελίξεις, η Κνωσός επέβαλε τη μονοκρατορία της, το δικό της ανακτορικό σύστημα διακυβέρνησης, σε ολόκληρη σχεδόν την Κρήτη έως τις αρχές του 14ου αιώνα π.Χ. – τότε, κατά μία εκδοχή, καταστράφηκε και η ίδια, χωρίς να γνωρίζουμε και πάλι τις ακριβείς συνθήκες που οδήγησαν στην καταστροφή αυτήν.
Οι όλες αυτές ανακατατάξεις θεωρείται πιθανό να συνδέονται με καθοριστικές παρεμβάσεις των πρώτων μυκηναϊκών ανακτορικών κέντρων της νότιας ηπειρωτικής Ελλάδας, ακόμα και με την κατάληψη της Κνωσού από μέλη της μυκηναϊκής αριστοκρατίας – αυτό υποδηλώνει, εξάλλου, η αιφνίδια εισαγωγή της Γραμμικής Β και της ελληνικής γλώσσας στη μεγαλόνησο.