15 Απριλίου 1961 τίθεται σε εφαρμογή το σχέδιο των Αμερικανών για την ανατροπή του επαναστατικού καθεστώτος της Κούβας και την κατάληψη του νησιού.
Όταν τον Ιανουάριο του 1961, ο Τζον Κένεντυ έγινε πρόεδρος των Η.Π.Α, κληρονόμησε… ένα σχέδιο που είχε επινοήσει η CIA και στη βασική του μορφή είχε εγκρίνει ο πρόεδρος Αϊζενχάουερ. Σκοπός του σχεδίου ήταν, να ανατρέψει τη νέα κυβέρνηση του Κάστρο στην Κούβα και να αναδείξει μία άλλη, φύλλα προσκείμενη στις Η.Π.Α. Η απόφαση του Κένεντυ να προχωρήσει το σχέδιο, παρά τις αρνητικές εισηγήσεις, οδήγησε στην εισβολή του «Κόλπου των Χοίρων» στις 17 Απριλίου. Το φιάσκο αυτό, ταπείνωσε τις ΗΠΑ και έφερε την Κούβα πιο κοντά στη Σοβιετική Ένωση.
Τον Ιανουάριο του 1959, ο Κουβανός δικτάτορας, Λοχίας Φουλχένσιο Μπατίστα, ο οποίος είχε μετατρέψει την Κούβα σε ένα τεράστιο καζίνο-πορνείο, με τη στήριξη των ΗΠΑ, είχε ανατραπεί μετά την ένοπλη εξέγερση των Κουβανών, με επικεφαλής τον Φιντέλ Κάστρο και τον Τσε.
Οι ΗΠΑ, βλέποντας να χάνεται το καλύτερο οικόπεδό τους… ανησύχησαν. Παράλληλα, ο φόβος του Κομμουνισμού στην περιοχή, τους έκανε να χάσουν την ψυχραιμία τους… Έτσι, ο Αϊζενχάουερ ενέκρινε το σχέδιο της CIA και από τον Μάρτιο του 1960, άρχισαν να στρατολογούνται Κουβανοί εξόριστοι για να εισβάλλουν στην πατρίδα τους.
Το σχέδιο αποσκοπούσε σε μια δημοφιλή εξέγερση που θα ανέτρεπε τον Κάστρο και την κυβέρνησή του. Οι ΗΠΑ θα υποκρίνονταν ότι δεν είχαν καμία ευθύνη. Δεν έπρεπε να υπάρχει κανένα στοιχείο που να τις ενέπλεκε άμεσα. Ήταν μία μάλλον υπερβολική απαίτηση για ένα σχέδιο τέτοιας κλίμακας. Κι αυτό, γιατί τα “αντικαθεστωτικά αισθήματα” στην Κούβα δεν ήταν αρκετά έντονα – έως καθόλου, εκτός των Κουβανών – συνεργατών των Ηνωμένων Πολιτειών και του δικτατορικού καθεστώτος! ΟΙ ΗΠΑ παραβίαζαν απροκάλυπτα μια πλειάδα Διεθνών Συμφωνιών, καθώς και το ίδιο της το Σύνταγμα.
Το 1960, περίπου 1.400 Κουβανοί εξόριστοι, εκπαιδεύτηκαν σε διάφορες Αμερικανικές Στρατιωτικές Βάσεις στη Φλόριντα, στον Παναμά και τη Γουατεμάλα. Η εκπαίδευση της μονάδας, που ήταν γνωστή ως Ταξιαρχία 2506, συνεχίστηκε και όταν ο Κένεντυ έγινε πρόεδρος. Αρχικά, οι δυνάμεις επρόκειτο να αποβιβαστούν στο λιμάνι του Τρινιδάδ στις νότιες ακτές της κεντρικής Κούβας αλλά, όταν το σημείο κρίθηκε ριψοκίνδυνο, επιλέχθηκε μία βαλτώδης περιοχή περίπου 97 χιλιόμετρα δυτικά, γύρω από τον Κόλπο των Χοίρων. Η εισβολή ορίστηκε για τις 17 Απριλίου του 1961.
Αν και η ακριβής ημερομηνία ήταν κρυφή, η επιχείρηση ήταν κοινό μυστικό, με άρθρα να εμφανίζονται ακόμα και στον Αμερικάνικο Τύπο. Υπάρχουν στοιχεία που δείχνουν ότι ο Κάστρο γνώριζε για την επικείμενη εισβολή από τον Οκτώβριο του ’60 και η CIA επέλεξε να μην ενημερώσει τον Κένεντυ ότι ο εχθρός γνώριζε και περίμενε την εισβολή.
Τα ξημερώματα της 15ης Απριλίου, οχτώ βομβαρδιστικά β-26 με χρώματα της Κουβανέζικης Αεροπορίας, βομβάρδισαν τρία αεροδρόμια της Κούβας. Οι πιλότοι ανέφεραν ότι η αποστολή ήταν επιτυχημένη, αλλά οι αναγνωριστικές πτήσεις την επόμενη μέρα αποκάλυψαν ότι σε πολλές περιπτώσεις δεν είχαν πετύχει τους στόχους τους. Ο Κένεντυ δεν ενέκρινε επιπλέον αεροπορικές επιδρομές επειδή φοβόταν ότι η ανάμειξη των ΗΠΑ θα ήταν πολύ εμφανής. Μπήκε μπροστά ένα σχέδιο για λόγους προπαγάνδας: ένα ακόμα “μεταμφιεσμένο” αεροπλάνο που έδειχνε ότι είχε γαζωθεί από σφαίρες, πέταξε μέχρι το Μαϊάμι, όπου ο Κουβανός πιλότος ζήτησε πολιτικό άσυλο, δίνοντας την εντύπωση ότι είχε αυτομολήσει και ότι οι επιδρομές στα αεροδρόμια είχαν γίνει από δυσαρεστημένα μέλη της Κουβανέζικης Αεροπορίας. Οι φωτογραφίες του πιλότου δόθηκαν στον ΟΗΕ ως απάντηση στις κατηγορίες των Κουβανών για την επίθεση των Αμερικάνων, οι οποίοι συνέχιζαν να αρνούνται ότι είχαν οποιαδήποτε ανάμειξη. Σύντομα όμως, κάποιοι παρατήρησαν ότι το ρύγχος του αεροσκάφους διέφερε από εκείνα της Κούβας, αποκαλύπτοντας τον ρόλο των ΗΠΑ.
Τις επόμενες μέρες οι μάχες συνεχίστηκαν με τα Αμερικανικά αεροσκάφη να πραγματοποιούν επιδρομές εναντίον Κουβανικών εφοδιοπομπών.
Οι στρατιώτες της Ταξιαρχίας 2506 είχαν αποπλεύσει με τα μεταγωγικά από τη Νικαράγουα στις 14 Απριλίου και κατευθύνονταν προς την Κούβα, συνοδευόμενοι από επτά αντιτορπιλικά του Αμερικάνικου Ναυτικού. Άφησαν τη συνοδεία τους περίπου 105 χιλιόμετρα νότια της Κούβας κι έφτασαν στη ζώνη απόβασης, λίγο πριν τα μεσάνυχτα της 16ης Απριλίου. Εκεί, ξεκίνησαν να αποβιβάζονται. Κατέλαβαν ένα μικρό στρατιωτικό φυλάκιο, αλλά οι πολιτοφύλακες που το επάνδρωναν πρόλαβαν να επικοινωνήσουν μέσω ασυρμάτου με τον στρατό και να ενημερώσουν για την εισβολή. Η απόβαση κράτησε περισσότερο από όσο αναμενόταν, λόγω του σκοταδιού και των κοραλλιογενών υφάλων, που προκάλεσαν ζημιές στα σκάφη, ενώ οι Κουβανέζικες Δυνάμεις αντέδρασαν πολύ πιο γρήγορα απ’ ότι υπολόγιζαν οι Αμερικάνοι. Τα ξημερώματα, έξι κυβερνητικά αεροπλάνα επιτέθηκαν στα αποβατικά σκάφη και ένα από αυτά αναγκάστηκε να προσαράξει. Μία ώρα αργότερα, η ρίψη αλεξιπτωτιστών και οπλισμού απέτυχε, γιατί ο εξοπλισμός έπεσε στους γύρω βάλτους και δεν ανακτήθηκε. Ο Κάστρο κινητοποίησε περίπου 20.000 στρατιώτες, ενώ εκατοντάδες Κουβανοί πολιτοφύλακες έφτασαν μέχρι το μεσημέρι στην κοντινή πόλη Παλπίτι, αναγκάζοντας τα στρατεύματα εισβολής να κινηθούν προς τα δυτικά. Η αεροπορία του Κάστρο κυριάρχησε στους αιθέρες, παρά τις απώλειές της κατά τους βομβαρδισμούς.
Μετά από αυτήν την πανωλεθρία, στις 19 Απριλίου, οι ΗΠΑ ενέκριναν μια αεροπορική επιχείρηση κάλυψης. Έστειλαν έξι Αμερικανικά μαχητικά, χωρίς διακριτικά, με πιλότους που δούλευαν για τη CIA. Η αποστολή τους ήταν να υπερασπιστούν τα βομβαρδιστικά της ταξιαρχίας, αλλά τα βομβαρδιστικά έφτασαν μία ώρα μετά τα μαχητικά και δύο από αυτά καταρρίφθηκαν. Η δύναμη εισβολής κατατροπώθηκε την επόμενη μέρα. Εκατό άνδρες της σκοτώθηκαν, σχεδόν 1.200 αιχμαλωτίστηκαν, ενώ λίγες δεκάδες διέφυγαν προς την ακτή όπου τους παρέλαβαν τα Αμερικανικά πλοία. Από την πλευρά των Κουβανών, σκοτώθηκαν 176 στρατιώτες και τραυματίστηκαν αρκετές εκατοντάδες. Οι αιχμάλωτοι κρατήθηκαν για περισσότερους από 20 μήνες. Επέστρεψαν στις ΗΠΑ στα τέλη Δεκεμβρίου του 1962 με αντάλλαγμα βρεφικές τροφές και φάρμακα αξίας 50 εκατομμυρίων δολαρίων, τα οποία παρείχαν Αμερικανικές εταιρείες μετά από αίτημα της κυβέρνησης.
Δυο βδομάδες μετά την επιχείρηση στον Κόλπο των Χοίρων, κατά τη διάρκεια του γιορτασμού της Πρωτομαγιάς, ο Φιντέλ χαρακτηρίζει την Κούβα στο λόγο του «πρώτη Λαοκρατική Σοσιαλιστική Δημοκρατία της Λατινικής Αμερικής», ενώ την 1η Δεκέμβρη δηλώνει: «Είμαι μαρξιστής – λενινιστής και θα είμαι μαρξιστής – λενινιστής μέχρι την τελευταία μέρα της ζωής μου».