Η οργάνωση των συνταγματαρχών δεν δημιουργήθηκε από το πουθενά, αλλά αντίθετα τις ρίζες της είχε στην οργάνωση «Χ» και στα τάγματα Ασφαλείας.
Την άνοιξη του 1943 ο προπολεμικός συντηρητικός πολιτικός Ιωάννης Ράλλης δέχτηκε να γίνει δοτός πρωθυπουργός του Χίτλερ. Ο όρος που έθεσε ήταν να σχηματιστεί δική του δύναμη ασφαλείας, δημιουργώντας τα Τάγματα Ασφαλείας, τα οποία συνεργάσθηκαν με τα κατοχικά χιτλερικά στρατεύματα.
Οι Βρετανοί, με την απελευθέρωση της χώρας μας από τη γερμανική κατοχή έβγαλαν οδηγία που έλεγε ότι δεν θα πρέπει να καταγγέλλονται όλοι οι αξιωματικοί που υπηρετούσαν στα Τάγματα Ασφαλείας ως προδότες. Περίπου 1.600 άνδρες και 1.000 αξιωματικοί τέθηκαν υπό βρετανική ευθύνη, και δεν οδηγηθήκαν ποτέ στη δικαιοσύνη και αρκετοί εντάχθηκαν στον «εθνικό στρατό» οι οποίοι εισέπρατταν μισθό ανάλογο με το μισθό των τακτικών αξιωματικών.
Η ύπαρξη των Ταγμάτων Ασφαλείας εξαρτιόταν από τις ξένες κυβερνήσεις και αδιαφορούσαν για τις ελληνικές και θεωρούσαν ότι αυτοί είναι οι «φύλακες του έθνους».
Για να προωθήσουν τους στόχους οι αξιωματικοί των Ταγμάτων δημιούργησαν την οργάνωση Ιερός Δεσμός Ελλήνων Αξιωματικών (ΙΔΕΑ) η οποία απέκτησε επαφές με τη μυστική υπηρεσία πληροφοριών της Αμερικής CIA.
Ο αρχηγός της ομάδας της οργάνωσης των συνταγματαρχών Γεώργιος Παπαδόπουλος ήταν μέλος των Ταγμάτων ασφαλείας στην Πάγρα με επικεφαλής των Κουρκουλάτο.
Το Φλεβάρη του 1964 η Ένωση Κέντρου με αρχηγό τον Γεώργιο Παπανδρέου κερδίζει τις εκλογές με ποσοστό 53%. Το πολιτικό οικονομικό κατεστημένο της χώρας και οι ξένες δυνάμεις έβλεπαν τη κυβέρνηση της Ε.Κ ως μικρή παρένθεση που πολύ γρήγορα θα ανατραπεί και δεν θα εφαρμόσει την πολιτικής της.
Οι απόρρητες και εμπιστευτικές αναφορές της αμερικανικής πρεσβείας και της μυστικής υπηρεσίας CIA από τους πρώτους μήνες του 1966 στρατολογούσαν τα μέλη που θα συμμετείχαν και θα πρωταγωνιστούσαν στο πραξικόπημα, όταν θα αποφασιζόταν από τους Αμερικανούς.
Ο πρωθυπουργός Γ. Παπανδρέου επισκέφτηκε επίσημα τον Αμερικανό πρόεδρος Τζόνσον για να μιλήσουν για το γεωπονικά συμμαχικά θέματα της χώρας και για το σχέδιο λύσης του Κυπριακού προβλήματος.
Η Ελλάδα και η Κύπρος δεν δέχτηκαν το σχέδιο που προέβλεπε Βάση Τουρκική και Αγγλική στην Κύπρο, δηλαδή διχοτόμηση, παραχώρηση του Καστελόριζου στην Τουρκία και Ένωσης της Κύπρου με την Ελλάδα, δηλώνοντας στον Αμερικανό πρόεδρο ότι το ελληνικό Σύνταγμα δεν προβλέπει παραχώρηση ελληνικού εδάφους και ότι η Ελληνική Βουλή δε θα ψήφιζε το σχέδιο « Άτσεσον».
Είναι χαρακτηριστική η δήλωση του πρόεδρο Τζόνσον στον Έλληνα πρεσβευτή Μάτσα στην Ουάσιγκτον ότι: « Γαμώ το Σύνταγμά σας τη Βουλή , και την Δημοκρατία σας. Η Αμερική είναι ελέφαντας κι εσείς είστε ψύλλοι. Θα βάλω τον ελέφαντα να σας απορροφήσει και να διαβιβάσετε στον Πρωθυπουργό σας ότι είναι λίγα τα ψωμιά σας».
Τον Ιούλιο του 1965 υποχρεώνεται ο Πρωθυπουργός Γεώργιος Παπανδρέου σε παραίτηση από τον Βασιλιά Κωνσταντίνο Γκλύξμπουργκ και τη διάσπαση του Κόμματος Ένωση Κέντρου με πρωταγωνιστές τον Γ.Νόβα, Ηλία Τσιριμώκο, Στέφανο Στεφανόπουλο Κώστας Μητσοτάκης κ.α, σε συνεργασία με το Παλάτι, τoν Αμερικανό σταθμάρχη της μυστικής υπηρεσίας CIA στην Αθήνα, τον στρατό, την Αμερικανική πρεσβείας της Αθήνας το ΝΑΤΟ.
Ο λαός αντέδρασε με συγκεντρώσεις πρωτοφανείς, Έφτασαν το ένα εκατομμύριο με σοβαρό επεισόδια ( τη δολοφονία από αστυνομικό του Σωτήρη Πέτρουλα, έκαψαν εφημερίδες που υποστήριζαν του αποστάτες κ.α ) σε κάποιες από τις διαδηλώσεις είχε διεισδύσει και το παρακράτος ετοιμάζοντας το έδαφος για τη χούντα.
Η Τρίτη κυβέρνηση των αποστατών με πρωθυπουργό τον Στέφανο Στεφανόπουλο, τα στρατολογημένα μέλη της ομάδας επέστρεψαν σε θέσεις κλειδιά. Βασικός πυρήνας στρατολόγων ήταν ο Κώστας Παπαδόπουλος, (ο Βάτραχος) αδελφός του δικτάτορα, ο Δημήτρης Σταματελόπουλος,(καθοδηγητής) Αντώνης Μέξης, Ιωάννης Λαδάς,(καθαρά χέρια) Δημήτρης Ιωαννίδης (Αρσακειάδα ή ο αόρατος δικτάτορας) Θεόδωρος Πατσούρας, Μιχάλης Ρουφογάλης (ο Ατσαλάκωτος), ο Αντώνης Λέκκας (αγγελιοφόρος).
Ο αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Στρατού Σπαντιδάκης, γνώριζε όλες αυτές τις κινήσεις, όπως και την κίνηση των στρατηγών που συμμετείχε μαζί με τον Ζωιτάκη, που ζητούσαν από το βασιλιά Κωνσταντίνο Γκλύξμπουργκ να παρέμβει στην πολιτική ανωμαλία που ξέσπασε από την αποστασία της Ένωσης Κέντρου, να εφαρμόσει τον στρατιωτικό νόμο. Το παλάτι και οι στρατηγοί έμειναν αδιάφοροι σε αυτές τις κινήσεις – προτάσεις πίστευαν ότι έχουν τον ίδιο στόχο με τους συνταγματάρχες, περιμένοντας εντολές από ΗΠΑ για να κινηθούν.
Η μυστική υπηρεσία CIA ήξερε ότι οι συνταγματάρχες ήταν αυτόνομοι, και η πρεσβεία κρατούσε ουδέτερη στάση ανάμεσα στις δυο συνωμοτικές ομάδες.
Ο στενός πυρήνας των συνταγματαρχών, είχε διχασμένες απόψεις σε ό,τι αφορά τη συνεργασία με τον Κωνσταντίνο Γκλύξμπουργκ και εκφράστηκε από τον Σταματελόπουλο, γιατί εκτιμούσε ότι το παλάτι ήταν υπεύθυνο για την πτώση της κυβέρνησης Κωνσταντίνου Καραμανλή. Το 1963.
Το Δεκέμβρη του 1966 ο στενός πυρήνας των συναντήθηκαν κρυφά στο σπίτι του Ιωάννη Λαδά, και ονομάστηκαν «Επαναστατικό Συμβούλιο». Παρόντες ‘ήταν ο Γεώργιος Παπαδόπουλος, Ιωάννης Λαδάς, Δημήτρης Σταματελόπουλος, Δημήτρης Ιωαννίδης, Ιωάννης Λέκκας, Μιχάλης Ρουφογάλης, Ιωάννης Μεταξάς και ένα πράκτορας της CIA , ο οποίος μετέφερε τις συνομιλίες. Στην αναφορά του κατέληγε με την πρόταση του Γ. Παπαδόπουλου «αν συνεχισθεί το κυβερνητικό όχημα των αποστατών, θα χρειαστεί η επιβολή στρατιωτικής δικτατορίας. Ο ειδικός αναλυτής του Στέιτ Ντιπάρτμεντ Λαγουδάκης υπέβαλε την έκθεση του στις αρχές Φλεβάρη 1967, που σημείωνε ότι: « Ο Γεώργιος Παπαδόπουλος είπε: «με την επιβολή μιας στρατιωτικής δικτατορίας θα υποστηρίξει τις Η.Π.Α και θα μπορέσει να αποτρέψει την παρούσα τάση της ελληνικής κοινωνίας προς την αριστερά» και κατέληγε ότι δεν υπάρχει ιδιαίτερη πληροφόρηση για την ομάδα των συνταγματαρχών, εκτός από τα στοιχεία που διαθέτει η CIA.
Η πολιτική αστάθεια με τις κυβερνήσεις των αποστατών συνεχιζόταν, ο πρωθυπουργός και το υπουργικό συμβούλιο προσπαθούν περισσότερο για τα προσωπικά τους συμφέροντα της επόμενης μέρας παρά για τα προβλήματα της χώρας. Ο βασιλιάς Κωνσταντίνος Γκλύξμπουργκ με στελέχη των δυο εξουσιαστικών κομμάτων και τους στρατηγούς συζητούσε για το πώς θα δώσει μια λύση για την παραμονή του στο παλάτι.
Όλα τα χαοτικά γεγονότα λειτουργούσαν υπέρ των συνταγματαρχών. Ο Γεώργιος Παπαδόπουλος θα μετατεθεί στη θέση κλειδί που είναι η Διεύθυνση του Γ’ Επιτελικού Γραφείου, και ο Οδυσσέας Αγγελής έγινε υπαρχηγός του Γ.Ε.Ε.Θ.Α, σημαντική θέση για να εφαρμόσει του Νατοϊκό σχέδιο «Προμηθέας».
Οι τελευταίες συναντήσεις του βασικού πυρήνα των συνταγματαρχών για τις οδηγίες εφαρμογής του σχεδίου γίνονται στα σπίτια Μπαλόπουλου και Ιωαννίδη, με την παρουσία και του πράκτορα της CIA όπου αποφασίστηκε να εφαρμοστεί το σχέδιο την νύχτα 20η προς 21η Απριλίου 1967 παραμονή των Βαΐων.
Ο Στυλιανός Παττακός που 12 Οκτωβρίου 1966 είχε αναλάβει την διοίκηση της μονάδας τεθωρακισμένων στο Γουδί, βεβαίωσε την ομάδα των συνταγματαρχών ότι : «τα τανκς θα απλωθούν σε όλη την Αθήνα από την ώρα «Ω» εφαρμόζοντας το σχέδιο του ΝΑΤΟ γνωστό σ’ όλες τις χώρες μέλη με την ονομασία «DROWSY dog» ώστε να τεθεί ο στρατός σε κατάσταση ετοιμότητας, και ο λαός να μπει στο «γύψο» για επτά χρόνια, να βοηθήσει στην εφαρμογή του αμερικανικού σχεδίου για την διχοτόμηση της Κύπρου.